Thắc mắc về quy trình kiểm tra trước hoàn thuế

Tình huống về kiểm tra trước hoàn thuế:

Admin cho mình hỏi, bên mình đã có thông báo từ thuế điện tử là chấp nhận hồ sơ hoàn thuế và chuyển sang loại kiểm trước hoàn sau. Đến hôm nay là 3 ngày kể từ ngày thông báo nhưng vẫn chưa thấy công văn của CQT về ngày xuống kiểm tra, bước tiếp theo bên công ty mình sẽ làm gì? liên hệ cán bộ thuế để hỏi đúng không?
MNB cho hỏi thực tế hiện nay, khi kiểm tra hoàn thuế tại doanh nghiệp như bên mình là hoàn VAT xuất khẩu phần mềm. CQT có yêu cầu ngồi xem trực tiếp bộ phận IT làm phần mềm, xem hệ thống IT…không? hay chỉ xem trên hồ sơ kế toán là đủ?

Trả lời:

1. Khi Cơ quan thuế ra quyết định về việc kiểm tra tại trụ sở NNT thì cơ quan thuế sẽ gửi lại quyết định kiểm tra trong thời hạn 03 ngày làm việc và thực hiện công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ký. Do vậy, Công ty cần liên lạc với cán bộ thuế để trao đổi về kế hoạch kiểm tra.

Ngoài ra, Công ty đã có thông báo từ CQT về việc bộ hồ sơ của công ty thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, thì chậm nhất là 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế.

Quá thời hạn quy định nêu trên, nếu việc chậm ban hành quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn trả, cơ quan quản lý thuế còn phải trả tiền lãi với mức 0,03%/ngày tính trên số tiền phải hoàn trả và số ngày chậm hoàn trả. Nguồn tiền trả lãi được chi từ ngân sách trung ương theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước.

Căn cứ pháp lý

Khoản 3 và 4, Điều 110, Luật Quản lý thuế 2019

“Điều 110. Kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế

…

3. Quyết định kiểm tra thuế phải được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc và thực hiện công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ký. Trước khi công bố quyết định kiểm tra mà người nộp thuế chứng minh được số tiền thuế đã khai là đúng và nộp đủ số tiền thuế phải nộp thì cơ quan quản lý thuế bãi bỏ quyết định kiểm tra thuế.

4. Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế được quy định như sau:

a) Công bố quyết định kiểm tra thuế khi bắt đầu tiến hành kiểm tra thuế;

b) Đối chiếu nội dung khai báo với sổ kế toán, chứng từ kế toán, báo cáo tài chính, kết quả phân tích rủi ro về thuế, dữ liệu thông tin kiểm tra tại trụ sở của cơ quan thuế các tài liệu có liên quan, tình trạng thực tế trong phạm vi, nội dung của quyết định kiểm tra thuế;

c) Thời hạn kiểm tra được xác định trong quyết định kiểm tra nhưng không quá 10 ngày làm việc tại trụ sở của người nộp thuế. Thời hạn kiểm tra được tính từ ngày công bố quyết định kiểm tra; trường hợp phạm vi kiểm tra lớn, nội dung phức tạp thì người đã quyết định kiểm tra có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 10 ngày làm việc tại trụ sở của người nộp thuế;

d) Lập biên bản kiểm tra thuế trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày hết thời hạn kiểm tra;

đ) Xử lý theo thẩm quyền hoặc đề nghị cấp có thẩm quyền xử lý theo kết quả kiểm tra.”

Khoản 2 và 3, Điều 75 Luật Quản lý thuế 2019

“Điều 75. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế

…

2. Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế, chậm nhất là 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ và thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế.

3. Quá thời hạn quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều này, nếu việc chậm ban hành quyết định hoàn thuế do lỗi của cơ quan quản lý thuế thì ngoài số tiền thuế phải hoàn trả, cơ quan quản lý thuế còn phải trả tiền lãi với mức 0,03%/ngày tính trên số tiền phải hoàn trả và số ngày chậm hoàn trả. Nguồn tiền trả lãi được chi từ ngân sách trung ương theo quy định của pháp luật về ngân sách nhà nước.”

2. Việc yêu cầu xem trực tiếp hay kiểm tra hồ sơ kế toán sẽ phụ thuộc vào phương pháp làm việc của từng đoàn kiểm tra thuế.Công ty cần chuẩn bị đầy đủ bộ hồ sơ chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật để cung cấp và giải trình theo yêu cầu của đoàn kiểm tra thuế. Trước khi đoàn kiểm tra xuống làm việc tại cơ sở, Công ty sẽ cần thực hiện:

a) Kiểm tra hoá đơn, chứng từ mua vào, bán ra đã đầy đủ, hợp lý theo quy định chưa? Tiến hành lập tờ khai điều chỉnh (nếu cần)

Với mua vào: Kiểm tra nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào (phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh, hoá đơn chứng từ hợp lý, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt với hang hoá dịch vụ từ 20trđ trở lên, hợp đồng, biên bản nghiệm thu, biên bản bàn giao…)
Kiểm tra doanh nghiệp bỏ trốn, bỏ địa điểm kinh doanh (doanh nghiệp ma)…
Với bán ra: Kiểm tra, bổ sung hồ sơ để đảm bảo điều kiện áp dụng thuế suất thuế GTGT 0%, 5%, không chịu thuế GTGT…

b) In chứng từ kế toán lưu tại doanh nghiệp: Mua vào, bán ra, thanh toán theo yêu cầu của cán bộ đoàn kiểm tra